Šv. Pranciškus gimė arba 1181 metų pabaigoje arba 1182 metų pradžioje Asyžiuje pirklio Petro Bernardonės ir jo žmonos Pikos šeimoje. Per krikštą gavo Jono vardą, tačiau, tėvui sugrįžus iš prekybinės kelionės po Prancūziją, Jono vardas buvo pakeistas Francesco – Pranciškaus vardu.
Pirmą religinį jausmą davė labai pamaldi motina. Skaityti ir rašyti Šventasis išmoko Šv. Jurgio parapinėje mokykloje. Vėliau savo išsilavinimą papildė aritmetika, muzika bei poezija, taip pat pramoko prancūzų kalbos, susipažino su žygdarbių poemomis ir riteriškomis legendomis. Buvo įžvalgaus proto ir geros atminties, daug skaitė.
Pranciškaus tėvas prekiavo ne tik Italijoje, bet ir užsienyje. Tai buvo būdinga tiems to laikotarpio italų miestiečiams, kurie turėjo gerą civilinę ir politinę padėtį. Kiti neturėjo jokios gerovės, laisvės tol, kol negaudavo bajorų titulo. Gavus kilnųjį vardą, galėjo būti lygūs su tais, kurie valdė vargšus ir visus nekilmingus.
Pranciškus, turėdamas 14 metų (apie 1196), dirbo tėvo parduotuvėje, kad geriau išmanytų prekybą. Dirbo apdairiai, jam rūpėjo uždarbis, tačiau nemokėjo jo išsaugoti, greitai išleisdavo. Pirmagimis (turėjo tik vieną jaunesnį brolį Angelą), buvo paskelbtas puotos ir Asyžiaus jaunimo karaliumi. Jis leido vėjais tėvo sukauptus turtus, rengėsi ryškiai ir savotiškai, nepraleisdavo pramogų, dainuodavo su draugais vakaronėse. Tėvai į visa tai žiūrėjo pro pirštus. Motiną ir draugus žavėjo Pranciškaus būdas, žodžio taurumas, dosnumas vargšams ir teisingumas.
Jei Pranciškus nekovojo pats, tai stebėjo piliečių laisvės kovą prieš imperatorių vasalą iš Spoleto miesto (1198 m.). Dvidešimtmetis jaunuolis veikliai dalyvavo Asyžiaus pilietiniame kare su Perudžija (1202 m. lapkritis). Asyžiečiams laimėjus, pateko į nelaisvę, kur prasidėjo jo dvasinė permaina. Praėjus metams, po ilgos ligos, išsivadavęs iš nelaisvės, Pranciškus pradėjo kitaip žiūrėti į pasaulį, kuris jam atrodė svetimas ir kitoks. Po kurio laiko jis atgavo pusiausvyrą ir sužavėtas naujų sapnų apie šlovę, nusprendė vykti į Apuliją gauti riterišką titulą (1205 m.). Tačiau kelionė buvo nutraukta Spoleto miestelyje. Pranciškui miegant, Viešpats pakvietė jį tarnauti kilnesniam ponui. Sapnuodamas, Pranciškus išgirdo žodžius: „Kam geriau tarnauti Viešpačiui ar jo tarnui?“ Tuomet suprato, kad didybė, kurios jis siekia nėra toji didybė, kuri jam skirta.
Pranašaudamas, kad bus didysis kunigaikštis, grįžo į Asyžių. Atsisakė draugų, daug laiko praleisdavo melsdamasis vienoje oloje. Pranciškus įveikia savo visišką pasibjaurėjimą raupsuotiems ir pastebi, kad jie taip pat vieno Tėvo vaikai. Dažniausiai laiką praleidžia melsdamasis Šv. Damijono bažnytėlėje. Būtent čia Nukryžiuotojo balsas pakvietė jį pataisyti griūvančią bažnytėlę. Pranciškus kuriam laikui pasitraukė iš visuomeninio gyvenimo ir atsidavė Bažnyčiai. Supratęs savo pašaukimo tikslą, prieš Asyžiaus vyskupą Gvidoną atsisakė viso savo turto, kuri paveldėjo iš tėvo. Anot pirmųjų biografų (1206 m. pirmieji mėnesiai), tai Pranciškaus tobulo atsivertimo momentas. Apsivilkęs kryžiaus formos skurdžia tunika, pasiskelbė didžiojo Karaliaus skelbėju ir dvejus metus gyveno atgailautojo ir atsiskyrėlio gyvenimą. Atsidavė maldai, kurį laiką tarnaudamas ir benediktinų vienuolyne (S. Verecondo Villingegno, Gubbio).
Pažodžiui supratęs Nukryžiuotojo kvietimą, pradėjo restauruoti tris Asyžiaus apylinkės bažnyčias: S. Damiano, S. Pietro della Spina ir S. Maria degli Angeli (Porciunkulės). Per šį laikotarpį Pranciškus sukrėtė visą Asyžių – vieni juo žavėjosi, kiti bjaurėjosi. Nepaisant to, jis laukė kokio nors naujo dieviško apsireiškimo. Tai įvyko labai greitai, jam atnaujinus paskutinę bažnyčią. Porciunkulėje Pranciškus išgirdo Evangelijos žodžius apie apaštalų išsiuntimą ir jų skurdą (apie 1208 02 24). Po šv. Mišių paprašė kunigo paaiškinti šią ištrauką. Supratęs Evangeliją, su džiaugsmu atpažino savo pašaukimą ir misiją. Pažodžiui įvykdžius šiuos nurodymus, tuoj pat apsivilko kitaip: kryžiaus formos tuniką, apjuostą balta virve. Vyskupui leidus, pradėjo kviesti žmones atgailauti.
Pranciškus savo elgesiu ragina žmones susimąstyti apie gyvenimą. Prie jo prisijungia du asyžiečiai: turtingas Bernardas iš Kvintavalės, gimęs šlėktų šeimoje bei teisės daktaras Petras Katani. Tais pačiais metais prie jų prisijungia jaunas Idzi, kilęs iš plebėjiško sluoksnio bei kiti aštuoni draugai. Kitais metais (1209 m.) šią grupę ir jos gyvenimo būdą apaštalų bendruomenėje patvirtino Inocentas III. Taip buvo įsteigtas Mažesniųjų brolių ordinas (Pranciškonų). Kai žodžiu pasitvirtino pirmoji formula vitae, Pranciškus, kuriam buvo suteikta Dievo malonė ir bažnytinės valdžios parama, gavęs iš popiežiaus leidimą skelbti atgailą, nevaržant savęs bei kitų, pradeda pranašauti ilgalaikį keliaujančio žmogaus ir atgailautojo apaštalavimą. Visus pamokslus pradėdavo linkėdamas ramybės: „Tegul Viešpats apdovanoja jus ramybe“. Jis kalbėjo paprastai, aistringai ir smalsiai, jo žodis primindavo visiems apie Sutvėrėją ir jo įsakymus, teisingumą bei Dievo gailestingumą. Pranciškaus pranašavimo būdingas bruožas, kuris labai dažnai pasikartoja jo raštuose – labai gili pagarba visiems dvasininkams, nepaisant kunigų – nusidėjėlių, nes Pranciškui svarbu jų įšventinimo vertė bei Bažnyčios šlovė. Jis mokindavo gerbti ir garbinti visus: turtinguosius ir ponus, tarnus ir vargšus, gerus ir blogus. Gavęs Apaštalų Sosto leidimą, kreipėsi į visus nuoširdžiai ir drąsiai skelbdamas tiesą be jokio pagražinimo ir pataikavimo, net išsilavinę garbingi ir įžymūs vyrai, klausėsi jo su dieviškąja baime. Dvasininkai, vienuoliai ir paprasti žmonės atvykdavo jo pasiklausyti. Jie pastebėjo, kad naujas evangelistas – tai žmogus iš naujo pasaulio; nauja šviesa, atsiųsta iš dangaus, kad apšviestų ir patrauktų visus prie Dievo.
Pranciškus per penkiolika metų išvaikščiojo didesnę Italijos dalį. Pilnas misionieriško užsidegimo ir kančios noro tarp saracėnų, 1212 metais du kartus išvyko iš Italijos, Sirijos kryptimi, o netrukus 1214 metais per Prancūziją ir Ispaniją į Maroką. Kilus audrai, pirmą kartą atsirado Dalmatijos kraštuose, o antrą kartą dėl ligos buvo priverstas sugrįžti į Ispaniją. Kartu su br. Eliju 1217 metais išsiuntė savo brolius į Sirijos ir Palestinos provincijas, o 1219 metais – pirmuosius penkis misionierius į Maroką. 1219 metų birželio 24 dieną Pranciškus išplaukė į Artimuosius Rytus ir stojo prieš Egipto sultoną, Melek-el-Kamel`į, kuris jį palankiai priėmė ir išklausė. Šventajam nepavyko nei atversti sultono į tikėjimą, nei pačiam patirti kančios, tačiau Pranciškus savo elgesiu davė pirmąjį taikų ir apaštališką pavyzdį su saracėnais. Pirmųjų misionierių išsiuntimas į Afriką ir Rytus – tai labai svarbus momentas katalikiškųjų misijų pasaulyje.
1220 metais Pranciškus, sugrįžęs į Italiją, kuri buvo labai palanki ordinui, pradeda skelbti žodžio apaštalavimą. Po metų nuėjo pamokslauti kitiems žmonėms: mokino juos krikščioniškojo, visuomeninio bei individualaus gyvenimo, laikytis Evangelijos. 1221 metais įkūrė Atgailos brolių ir seserų ordiną (dabar Pasauliečių pranciškonų ordinas).
Šventasis, gavęs išskirtinį popiežiaus leidimą, ir, norėdamas kuo geriau ir aiškiau pamatyti pats, o dar labiau parodyti žmonėms Dievo gimimo paslaptį, minios centre prie Greccio tvirtovės užtvaro Reati slėnyje, 1223 metų gruodžio 24-ąjį naktį šventė Dievo gimimą ir patarnavo diakonu iškilmingose Mišiose prieš gyvą ir vaizdingą prakartėlę. Pranciškus jau buvo įšventintas į diakonus, o kunigo šventinimų nesiekė dėl nuolankumo.
1227 metais, sugrįžęs iš Rytų jau ligotas, perdavęs savo pareigas asyžiečiui br. Elijui, priėjo prie paskutinio savo gyvenimo etapo. Dažniau išgyvendavo mistinius pakilimus, siekdamas kuo nuoširdžiau dalyvauti bei supanašėti su Nukryžiuotoju.
1224 metų vasarą šitaip jausdamasis pasitraukė į Alvernos kalną, kur ilgai meldėsi, mąstė ir pasninkavo. Ten, artėjant Kryžiaus išaukštinimo šventei, pasirodė sparnuoto ir ugninio serafino pavidalu nukryžiuotasis Kristus, kuris jo kūne įspaudė Viešpaties Kančios stigmas – atviras ir kraujuojančias žaizdas, ilgų užlenktų ašmenų vinimis rankose ir pėdose bei šone.
Šventasis iš Alvernos į Asyžių sugrįžo kaip gyvas nukryžiuotojo Kristaus atvaizdas. Paskutiniuosius dvejus savo gyvenimo metus labai kankinosi dėl sunkios akių ligos, kuria susirgo Rytuose. Šventasis, paklusniai sutikęs su ordino globėju kardinolu Hugolinu, pasidavė skausmingai akių pridegimo procedūrai, kurią atliko popiežiaus dvaro gydytojai Rietyje (1225). Tačiau ši procedūra nepasisekė. Kitais metais balandžio mėnesį Pranciškus, įveikęs mirties krizę, per Sieną ir Kortoną pamažu išvyko į Asyžių. Iš pradžių apsistojo Asyžiaus vyskupo rūmuose, o jau rugsėjo pabaigoje persikėlė į Porciunkulę. Būtent čia 1226 metų spalio 3-iąjį šeštadienį vakare, būdamas 45 metų mirė. Sekmadienio rytą broliai ir liaudis pernešė jo kūną iškilmingoje procesijoje į Šv. Jurgio bažnyčios požemį, kuriame buvo palaidotas. Jo kūnas šioje bažnyčioje buvo saugojamas daugiau nei ketverius metus.
1228 metų liepos 16 dieną Pranciškus buvo kanonizuotas. 1230 metų gegužės 25 dieną jo kūnas buvo perneštas į naują puikią Šv. Pranciškaus baziliką Rojaus kalvoje, kuri buvo pastatyta popiežiui Grigaliui IX leidus ir br. Elijo dėka Šventojo Pranciškaus kapui.
